Den fornærmede gutten skal ha oppsøkt asylmottaket og hatt en del kontakt med den siktede, skriver NRK.
Voldtekten fant sted forrige mandag. Asylsøkeren skal ha holdt gutten fast og fullbyrdet overgrepet.
Den siktede hevder selv han er under 18 år. Norske myndigheter mener derimot at han er over 18 år.
Asylsøkeren nekter all skyld og sier at det ville vært umulig for han å holde gutten fast.
Mannen er nå varetektsfengslet i fire uker.